Eine Stuhltransplantation - bei der eine wässrige Lösung des Stuhls eines gesunden Spenders über einen Nasenschlauch in einen kranken Empfänger eingeführt wird - wird durchgeführt, um gute Darmbakterien zu übertragen, damit sich die gestörte Darmflora des kranken Patienten erholen kann. Es wurde festgestellt, dass es mit einer bestimmten Art von Darminfektion funktioniert. Derzeit wird untersucht, ob diese Methode auch bei Colitis ulcerosa und Morbus Cron funktioniert. Die Kot-Transplantation ist noch keine reguläre Behandlung, sondern Teil der wissenschaftlichen Forschung. In Amerika und Kanada wird geforscht, wie durch die Züchtung der guten Darmbakterien eines gesunden Menschen "künstlicher Kot" hergestellt werden kann.
